Février 1944, Le Capitaine de Corvette Charles Trépel disparaît lors d'un raid sur les côtes néerlandaises à Wassenaar.
19 Mai 1947, en l'honneur du Capitaine de Corvette Charles Trépel fut créer le Commando Trépel, l'un des sept commando Marine. Ses rôles: contre-terrorisme maritime et terrestre, libération d'otages, action spéciale offensive. Peu de temps après le commando participe à la Guerre d'Indochine, en étant embarqué sur le Richelieu puis sur le Gloire.
1952, Le Commando Trépel est envoyé en Tunisie pour maintenir l'ordre dans les régions de Bizerte, Mateur et Sfax.
1955 - 1960, le commando Trépel est déployé en Algérie, en particulier dans les provinces d’Alger et de Bone, dans le Djebel de Mzi.
1969, intervention au Tchad.
1978, opération Tacaud au Tchad.
1983 - 1984, le commando est déployé au sein de la FMSB, au Liban. Elle est l'une des dernières unités à quitter le port de Beyrouth.
1989, Opération Capselle à Beyrouth, au Liban.
1990 - 1991, le commando Trépel participe à l'Opération Artimon et prend part à l'Opération Daguet à bord du TCD Foudre dans le cadre de la Guerre du Golfe.
De 1992 à 1999, à la suite de son intégration au COS, le commando Trépel est présent sur de nombreux théâtres d'opérations, Zaïre, Haïti, Mururoa, Djibouti, Adriatique, Somalie, Antilles, Afrique équatoriale, Rwanda...
1994 - 1995, participation à l'Opération Turquoise, au Rwanda.
1996, Opération Badge en Afghanistan.
1997, Opérations Maracuja aux Caraïbes.
1999, Opération Sental au Timor Oriental. Durant cette opération, le commando a dirigé un groupe interarmées de forces spéciales.
1999 à 2001, déploiement en ex-Yougoslavie. Il reprend aussi la direction d'un groupe interarmées de forces spéciales.
2001 - Présent, opérations durant la guerre d'Afghanistan.
17 décembre 2010, participation à l'opération "HK35", en Afghanistan, au cours de laquelle l'un de ses membres est tué par un chef taliban.